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CPHI制藥在線 資訊 A001 突破不可成藥靶點的PROTAC技術(shù)解讀

突破不可成藥靶點的PROTAC技術(shù)解讀

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作者:A001  來源:CPHI制藥在線
  2023-01-19
大量難成藥的靶點沒有合適的藥物去治療。而且化藥在治療過程面臨著靶點的基因突變盡而帶來耐藥性。小分子降解劑的發(fā)展,尤其是蛋白降解靶向嵌合體(PROTACs),使得靶向不可成藥的蛋白靶點或耐藥突變靶點成為可能。

突破不可成藥靶點的PROTAC技術(shù)解讀

       PROTAC(Proteolysis Targeting Chimera)蛋白靶向降解嵌合體,是通過泛素蛋白酶體系統(tǒng)誘導(dǎo)靶向蛋白降解的一種全新技術(shù)。用來清除腫瘤細胞內(nèi)的特定蛋白,使其不能發(fā)揮致癌作用,以達到腫瘤治療的目的。癌癥從本質(zhì)上來說是一種基因病,幾乎所有的癌癥都源于基因突變,除了手術(shù)切除、放療和化療外,分子靶向技術(shù)也在迅速發(fā)展?;蛲蛔兯a(chǎn)生的致癌因子,對腫瘤的生長起著十分關(guān)鍵的作用。而PROTAC分子可以直接將致癌因子清除,從而靶向治療腫瘤。PROTAC分子由三種元素組成,E3泛素連接酶配體、靶蛋白配體和連接子Linker。E3泛素連接酶配體負責(zé)特異性招募E3泛素連接酶。靶蛋白配體用于靶向和捕獲目標(biāo)蛋白。Linker用于結(jié)合這兩個配體形成穩(wěn)定的三元復(fù)合物。因此PROTAC分子能夠?qū)3泛素連接酶募集到靶點蛋白附近,為靶點蛋白貼上"泛素"標(biāo)簽,而在細胞上打上泛素標(biāo)簽的蛋白將被送入蛋白酶體進行降解。這樣PROTAC分子就能夠特異性的促進致病蛋白的降解。

       對于PROTACR的研究是從2001時開始有逐漸的報道,在2017年之后出現(xiàn)了研究的井噴狀態(tài)。

       傳統(tǒng)小分子藥物研發(fā)面臨的困境和挑戰(zhàn)

       根據(jù)Global Data報告Look Ahead to 2022 -The Future of Pharma,預(yù)計未來5年生物制劑的銷售額將大大超過創(chuàng)新小分子藥物的銷售額。預(yù)計到2027年,生物制劑的銷售額將比小分子銷售額高出1200億美元。

       相關(guān)文獻報道與疾病相關(guān)靶點蛋白有62%是不可成藥的,還有25%約有1200多種不是適合作為藥物靶點的。已經(jīng)有藥物上市的靶點占據(jù)13%。所以市面上能夠上市銷售的成藥靶點藥物占比是很低的,很多跟疾病相關(guān)的靶點蛋白是不可成藥的。所以綜上所述,小分子藥物的市場份額逐漸減少,也是由于小分子藥物的研發(fā)起步早,相對簡單,比較早的被發(fā)現(xiàn),但成藥靶點發(fā)現(xiàn)緩慢,小分子藥物發(fā)現(xiàn)增速降低了。大量難成藥的靶點沒有合適的藥物去治療。而且化藥在治療過程面臨著靶點的基因突變盡而帶來耐藥性。小分子降解劑的發(fā)展,尤其是蛋白降解靶向嵌合體(PROTACs),使得靶向不可成藥的蛋白靶點或耐藥突變靶點成為可能。

       PROTAC成藥特點,突破不可成藥靶點及耐藥

       細胞內(nèi)蛋白降解的兩大系統(tǒng),在真核細胞中負責(zé)蛋白質(zhì)和細胞器降解的兩大系統(tǒng)分別是泛素蛋白酶體系統(tǒng)和自噬溶酶體系統(tǒng)。泛素蛋白酶體系統(tǒng)將體內(nèi)錯誤折疊的可溶性蛋白,它被泛素E3連接酶貼上了泛素(Ub)的標(biāo)簽,被貼上泛素標(biāo)簽的蛋白可以直接結(jié)合蛋白酶體的泛系受體而被降解,也可以結(jié)合到運輸載體上通過載體的PBD端與蛋白酶結(jié)合,進而被降解。

       PROTAC無需與靶蛋白高強度結(jié)合,可靶向蛋白范圍擴大,它與小分子藥物作用機制的區(qū)別是,它是"事件驅(qū)動",觸發(fā)靶蛋白與E3連接酶的結(jié)合,無需直接抑制靶蛋白的功能活性,只要能給靶蛋白貼上泛素標(biāo)簽基本上就算是成功了,也無需跟靶蛋白長時間和高強度的結(jié)合。

       PROTAC它是促使靶蛋白降解之后可以從復(fù)合物中解離進入下一個催化循環(huán),因此根據(jù)這一特點有可能將來用藥的頻率和劑量都相對于小分子藥小很多。PROTAC跟蛋白的結(jié)合不需要很高的結(jié)合活性,因為有催化的性質(zhì),就可以用低劑量很長的周期給藥的特點。

       而小分子是一定要"占位驅(qū)動"的形式,一定要連接到靶蛋白的某一結(jié)構(gòu)域上形成一個穩(wěn)定的連接,從這種關(guān)系上來說,小分子化藥一定要有很強的活性,才可進入藥物的開發(fā)過程。小分子藥物是需要足夠多的劑量使靶點飽和,并且需要足夠長的半衰期能夠長久持續(xù)抑制靶蛋白。

       PROTAC克服靶點耐藥潛力明確

       化藥在治療腫瘤時后期會由于腫瘤基因突變導(dǎo)致化藥的耐受,理論上PROTAC分子是可以避免這樣的情況發(fā)生的。

       PROTAC選擇性不同于TKI(洛氨酸激酶抑制劑),PROTAC分子除了發(fā)揮與靶蛋白結(jié)合之外,還需要使靶蛋白與E3連接酶保持穩(wěn)定的空間構(gòu)象才能完成泛素化反應(yīng)。這相當(dāng)于對蛋白選擇性的篩選。例如多激酶抑制劑Foretinib在竟?fàn)幮越Y(jié)合實驗中對100余種激酶具有較強的抑制活性(選擇性差),而基于Froetinib設(shè)計的PROTAC分子可以結(jié)合54種激酶(選擇性有所提高),但最終只能降解<15種激酶(選擇性大幅提高),PROTAC在某些靶點上有潛力實現(xiàn)更高的選擇性,從而避免"off target"帶來的正毒副作用。

       PROTAC引發(fā)蛋白降解后即從復(fù)合物中分離,并進入下一個催化循環(huán),藥物作用效率高,可快速將細胞內(nèi)靶蛋白降解,并且細胞內(nèi)疾病蛋白合成速度較為緩慢,即便經(jīng)過代謝后PROTAC在體內(nèi)清除細胞仍需要較長的時間將靶蛋白恢復(fù)至發(fā)揮生理作用的水平,從而有望延長藥物作用時間,因此PROTAC有望在低藥物劑量低給藥頻率下實現(xiàn)持久的療效,這一潛力在臨床前研究中已得到初步證實,一款靶向RIPK2的PROTAC降解劑動物給藥168h后,體內(nèi)血藥濃度已降到10ng/ml以下,而此時RIPK2蛋白仍然可以維持較低含量,致炎因子TNFα也維持在較高的抑制水平。

       機遇和挑戰(zhàn)

       Linker的設(shè)計合成需要復(fù)雜的優(yōu)化過程,目前報道的PROTAC分子中,Linker的選擇以聚乙二醇和烷基鏈為主,但線性脂肪鏈或醚結(jié)構(gòu)有被氧化代謝的風(fēng)險,大大減少了藥物暴露濃度和時間,加快PROTAC分子排出體外,其它的Linker還有烷烴、三唑、哌嗪、哌啶等,Linker的設(shè)計與選擇對于PROTAC分子的成藥性非常重要,以ARV-771為例,其采用醇類作為Linker時對BRD4蛋白展現(xiàn)出較好的降解能力,但當(dāng)把Linker換成長度相當(dāng)?shù)暮蟹枷悱h(huán)的結(jié)構(gòu)時,盡管靶蛋白和E3連接酶配體沒有改變,但其不再對BRD4展現(xiàn)出降解能力。

       當(dāng)前研究的PROTAC分子集中于靶向BET、AR、BTK等成熟靶點,仍有大量病理機制明確的蛋白未被探索,泛素-蛋白酶體降解途徑發(fā)生于細胞內(nèi),膜表面蛋白(約占編碼蛋白的20%)的胞內(nèi)結(jié)構(gòu)域很難找到合適的口袋供小分子配體結(jié)合,PROTAC分子在膜蛋白降解領(lǐng)域尚未取得技術(shù)突破,亞細胞結(jié)構(gòu)內(nèi)的靶點例如核內(nèi)蛋白、細胞器蛋白等也是PROTAC技術(shù)的潛力發(fā)揮作用的領(lǐng)域。許多中樞神經(jīng)系統(tǒng)(CNS)靶點被認為是"Undruggable",且血腦屏障的存在使治療藥物難以達到病灶,阿爾茲海默癥等神經(jīng)退行性疾病以及中樞神經(jīng)系統(tǒng)慢性炎癥尚無有效治療藥物,存在大量未滿足臨床需求、蛋白降解劑有望通過降解中樞神經(jīng)系統(tǒng)的致病蛋白如Tau/Alpha-synuclein/Huntingtin等帶來差異化的治療效果,有潛力克服現(xiàn)有療法的局限性。包括小核酸藥物、抗體等。

       高通量評價PROTAC活性手段有限

       由于PROTAC分子在體內(nèi)能以亞化學(xué)劑量發(fā)揮催化循環(huán)作用,因此傳統(tǒng)的藥化動力學(xué)(PK)、藥效動力學(xué)(PD)方法不能很好的評估PROTAC的PK和PD性質(zhì),針對PROTAC分子目前尚于成熟的PK/PD評價體系,量效關(guān)系、時效關(guān)系的規(guī)律尚未完全掌握,蛋白降解所致的毒 性尚未透徹了解,在驗證靶標(biāo)蛋白是否被成功降解上,傳統(tǒng)方法如免疫印跡、ELISA以及質(zhì)譜存在耗時、價格昂貴、通量低的缺點,熒光信號是具有潛力的可行替代方法。高通量評價PROTAC活性的檢測方法亟待開發(fā)。

       分子膠(Molecular Glue Degraders)

       分子膠降解劑(Molecular Glue Degraders,MGDs)是另一類可以誘導(dǎo)泛素E3連接酶復(fù)合體/底物受體與靶蛋白相互作用的小分子。MGD可以拉近致病蛋白與E3連接酶的空間距離,增強原本具有的PPI或促進形成新的PPI。從而使得被泛素化的致病蛋白被蛋白酶所降解,免疫調(diào)節(jié)劑(IMiDs)沙利度胺、來那度胺、泊馬度胺等是典型的分子膠,其發(fā)揮治療腫瘤作用機制之一就是通過分子膠水的作用介導(dǎo)IKZF1/3(淋巴細胞增殖關(guān)鍵國轉(zhuǎn)錄因子)降解。

       PROTAC與MGD均通過泛素-蛋白酶體途徑介導(dǎo)靶蛋白降解,但二者分子設(shè)計及作用機制存在顯著不同。PROTAC分子是由靶蛋白配體、Linker、E3連接酶彈頭共價結(jié)合形成的異雙功能三無復(fù)合物,其分子量較大,打破了藥物設(shè)計的5類原則。MGD是單價小分子,分子量較小,符合5類原則。PROTAC分子直接與靶蛋白結(jié)合因此需要結(jié)合口袋,MGD通過與E3連接酶結(jié)合形成的位點與靶蛋白相互作用,自身無需具備直接與靶蛋白結(jié)合的口袋。相較于PROTAC分子,MGD具有較高的細胞通透性和更好的口服吸收。目前較為成熟的蛋白降解技術(shù),PROTAC與分子膠均依賴于蛋白酶體系統(tǒng),而基于自噬/內(nèi)體-溶酶體系統(tǒng)(機體另一重要的蛋白降解系統(tǒng))去開發(fā)新型蛋白降解劑同樣成為研究熱點。基于溶酶體的蛋白降解技術(shù)主要包括,溶酶體靶向嵌合體(LYTAC)、自噬體靶向嵌合(AUTAC)、自噬小體偶聯(lián)技術(shù)(ATTEC)等,該類技術(shù)有望與現(xiàn)在蛋白降解劑形成互補,拓展可降解靶點范圍。

       

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